智能集菌仪可以在软件的控制下将不同包装形式的样品安全，均匀地转移到无菌检测装置中。避免了传统无菌检查中，容易受人员误操作而导致无菌检查结果出现偏差甚至影响无菌检查结果准确性的情况。
智能集菌仪正确操作方法：
(1)取出培育器先检查包装是否完好无损，在无菌室内翻开塑料包装袋。
(2)将培育器逐一插放在不锈钢座上。
(3)将集菌培育器的弹性软管装入智能集菌仪泵头，要求定位准确，软管走势顺利。
(4)翻开待检样品的瓶盖插针孔并消毒之，(若检测安瓿样品，先将安瓿颈部消毒，然后翻开并将安瓿)样品瓶定位。
(5)拔去进样双芯针管之护套，插入样品瓶中，敞开集菌仪，施行过滤集菌(应防止双芯针管进气，滤膜被药液浸湿，影响进气)。
(6)完结集菌后，若样品含抑菌物质，按药典规范要求适当用冲洗液清洗，清洗方法与集菌过程相同。
(7)消毒培育基瓶插针孔处。
(8)摘下顶部空气滤器开口的胶塞，套在培育器底口上，用软管夹子，顺次开闭软管，敞开集菌仪，将培育基泵入的培育器内。
(9)用夹片夹闭与培育器衔接部的软管，留下5～6cm软管，剪除其余部分，并将开口端插在空气过滤器开口上。
(10)别离按规则进行培育。
(11)调查培育状况，若需取样别离培育，可将软管消毒，用无菌注。
