根据生物安全防护水平的差异，生物安全柜可分为一-级、二级和三级三种类型。

一级生物安全柜可保护工作人员和环境而不保护样品。其气流原理和实验室通风橱基本相同，不同之处在于排气口安装有HEPA过滤器，将外排气流过滤进而防止微生物溶胶扩散造成污染。-级生物安全柜本身无风机，依赖外接通风管中的风机带动气流，由于不能保护柜内产品，目前已较少使用。

二级生物安全柜是目前应用最为广泛的柜型。按照《中华人民共和国医药行业标生物安全柜准YY0569-2005生物安全柜》中的规定，二级生物安全柜依照入口气流风速、排气方式和循环方式可分为4个级别: A1型，A2型，B1型和B2型。所有的二级生物安全柜都可提供工作人员、环境和产品的保护。

三级生物安全柜是为生物安全防护等级为4级实验室而设计的，柜体*气密，工作人员通过连接在柜体的手套进行操作，俗称手套箱(Golve box),试验品通过双i ]J的传递箱进出安全柜以确保不受污染，适用于高风险的生物试验，如进行SARS、埃博拉病毒相关实验等。