智能集菌仪在操作过程中应注意以下问题：
(1)智能集菌仪必须有效接地。
(2)智能集菌仪长期不用，应切断电源。
(3)智能集菌仪应置于平稳的操作台面，其工作环境应避免振动和化学腐蚀。
(4)若无菌室采用化学消毒剂消毒时，应将智能集菌仪置密封罩内，或搬出无菌室，以免损坏电子部件和腐蚀金属配件。
(5)应保持取样针上的过滤膜干燥，气流通畅，正常浸液。方法是在取样针插入瓶装流体样品时，应先开机，然后倒转容量瓶。
(6)更换检品或完成过滤时应停机，否则会使集菌培养器内产生过高的气压，胶塞脱离，影响使用。可摘下胶冒放气，消除集菌培养器内的压力。
(7)若进液管内出现过多气泡，应将泵速降低，并检查气滤膜是否被浸湿，若不能进液，则检查进液针管是否畅通。
(8)智能集菌仪运转时切勿将手伸入转轴内，待扣在定位卡后再开机。