针对生物安全柜自身污染消毒时，一般采用甲醛气体熏蒸。将生物安全柜密闭起来，日、美标准建议用10000ppm的甲醛气体熏闷2小时，英国标准给出的甲醛浓度只有500ppm，相差如此悬殊的原因还不太明确。但有一点是清楚的，就是采用过多的甲醛会因聚合而析出白色粉末附着在装置内表面，对灭菌后实验研究带来不良影响。

当相对湿度在65%以上，温度在24~40℃时，甲醛气体消毒的效果。当生物安全柜内没有吸湿物质时，zui大必要水量约为20g／m³。干燥时，甲醛在浓度为7.75%时爆炸，着火点为430℃。由于甲醛的环境标准只有1~2ppm，所以即使稍有泄漏也会超过标准值很多，故应重视，采取措施。