智能集菌仪是通过定向蠕动加压原理，使供试品中微生物截留在滤器中的微孔滤膜，通过冲洗滤膜除去抑菌成分，然后把所需的培养基通过进样管道直接引入全封闭过滤集菌培养器中，放置在培养箱内进行无菌培养。
智能集菌仪操作流程：
1. 取出培养器先检查包装是否完好无损，在无菌室内打开塑料包装袋。
2. 将培养器逐个插放在不锈钢座上。
3. 将集菌培养器的弹性软管装入智能集菌仪泵头，要求定位准确，软管走势顺畅。
4. 打开待检样品的瓶盖插针孔并消毒之，(若检测安瓿样品，先将安瓿颈部消毒，然后打开并将安瓿)样品瓶定位。
5. 拔去进样双芯针管之护套，插入样品瓶中，开启集菌仪，实施过滤集菌(应避免双芯针管进气，滤膜被药液浸湿，影响进气)。
6. 完成集菌后，若样品含抑菌物质，按药典 规范要求适当用冲洗液清洗，清洗方法与集菌过程相同。
7. 消毒培养基瓶插针孔处。
8. 摘下顶部空气滤器开口的胶塞，套在培养器底口上，用软管夹子，依次开闭软管，开启集菌仪，将培养基泵入的培养器内。
9. 用夹片夹闭与培养器连接部的软管，留下5～6cm软管，剪除其余部分，并将开口端插在空气过滤器开口上。
10. 分别按规定进行培养。
11. 观察培养情况，若需取样分离培养，可将软管消毒，用无菌注。
智能集菌仪使用注意事项：
1、仪器运转时切勿将手伸入泵头内，否则将可能导致手部受伤。
2、仪器使用完毕后要关闭电源，长时间不用时，请切断电源。
3、在集菌仪泵头位卡合上之前，严禁启动仪器，否则将可能导致手部受伤。
4、应保持取样针上的过滤膜干燥，气流畅通，正常进液。即在取样针插入瓶装流体供试品时，应先开机，然后倒转容器瓶。
5、若无菌室采用化学消毒剂消毒时，应将仪器置密封罩内，或搬出无菌室，以免损坏电子部件和腐蚀金属配件。
6、若进液管内出现过多气泡，应将 速降低，并检查进气滤膜是否被寖湿，若不能进液，则检查进液针是否畅通。
7、更换供试品完成过滤时，应停机，否则会使培养器内产生过高的气压，使胶帽弹出，影响使用。可摘下胶帽放气，消除培养器内的压力。
8、避免脚踏开关置于具有强腐蚀性、氧化性的环境中。避免脚踏开关内部进入液体。
9、避免连续踩动脚踏开关，踩动脚踏开关后脚不要立即松开，应适当延迟至一起启动或停止。
